Filogenia
Durante muchas décadas, las relaciones filogenéticas de los celomados se basaron en la concepción de los articulados (Articulata) de Cuvier, un clado formado por anélidos y artrópodos. Numerosos análisis morfológicos modernos basados en principios cladistas han corroborado la existencia del clado Articulata, por ejemplo, Brusca & Brusca, Nielsen o Nielsen et al., entre otros.
No obstante, diversos análisis cladísticos como el de datos combinados de Zrzavý et al (1998) y otros han llegado a la conclusión de que anélidos y artrópodos no están directamente relacionados. La presencia de metamerización en anélidos y artrópodos debe considerarse un caso de convergencia evolutiva. Por el contrario, estos estudios propusieron el clado Ecdysozoa en el que los artrópodos muestran estrechas relaciones filogenéticas con grupos pseudocelomados, como nematodos, nematomorfos, priapúlidos y quinorrincos, por la presencia compartida de una cutícula quitinosa y un proceso de muda (ecdisis) de la misma. Ecdysozoa, en su definición actual, incluye a los miembros de tres subclados putativos: Nematoida (Nematoda y Nematomorpha), Scalidophora (Priapulida, Loricifera y Kinorhyncha) y Panarthropoda (Arthropoda, Onychophora y Tardigrada).
La filogenia de los artrópodos ha sido muy controvertida, con una enfrentada polémica entre los partidarios del monofiletismo y los del polifiletismo.
Snodgrass y Cisne
han defendido el monofiletismo, aunque el primero contempla los artrópodos divididos en arácnidos + mandibulados, y el segundo los interpreta divididos en esquizorrámeos y atelocerados.
Tiegs & Manton defendieron el difiletismo, con los artrópodos divididos en esquizorrámeos + unirrámeos y los onicóforos como grupo hermano de miriápodos + hexápodos.
Posteriormente, Manton
y Anderson sostuvieron el polifiletismo del grupo (ver Uniramia).
Con la aparición de los primeros estudios basados en datos moleculares y análisis combinados de datos morfológicos y moleculares, parece que la antigua polémica sobre monofilia y polifilia ha quedado superada, ya que todos ellos corroboran que los artrópodos son un grupo monofilético en el que se incluyen también los onicóforos y tardígrados (el clado se ha dado en llamar panartrópodos); la mayoría también proponen la existencia del clado Mandibulata que reúne a los subfilos Hexapoda, Crustacea y Myriapoda. Principalmente se había propuesto que los hexápodos podrían estar emparentados con los crustáceos o los miriápodos, sin embargo, la hipótesis de que estarían relacionados con los miriápodos se ha descartado en gran medida, debido a varios análisis moleculares y evidencias fósiles que sugieren que los hexápodos evolucionaron de crustáceos emparentados con Remipedia lo que hace a estos últimos un grupo parafilético, por tanto las relaciones filogenéticas de las clases de artrópodos quedarían de la siguiente manera:
