In Paketen bis zu 50 Eiern legen die Weibchen hunderte, bisweilen bis zu 2.000 Eier. Die lappenförmige Anhänge besitzenden Eier werden in sehr feuchte, faulende Stoffe abgelegt, zum Beispiel feuchten Dung, Hundekot, Kuhfladen, Gülle, Fäkaliengruben, Küchenabfälle wie faulende Kartoffeln oder Rüben, Silage und Kompost, aber auch in Biotonnen, Mülldeponien, Käse, Speck und Trockenfisch. Bei 24–27 °C schlüpfen die Larven innerhalb von 24 bis 48 Stunden. Bei günstiger Temperatur (um 30 °C) dauert die Entwicklung vom
Ei bis zum Vollinsekt nur 7 Tage. Die hellbraunen, flachen, bis zu sechs Millimeter langen Maden tragen auf jedem Körperring auf den Seiten und auf dem Rücken ein Paar mit Dörnchen besetzte fadenförmige Körperanhänge. Diese Fortsätze, die auch bei den Puppen zu finden sind, ermöglichen ihnen die Fortbewegung in flüssigen Substanzen. Durch ihre Anhängsel können die Maden und die Puppen früh von den glatten Maden und Puppen der Großen Stubenfliege (Musca domestica) unterschieden werden.
Die
Larvenentwicklungdauer beträgt sieben bis zehn Tage, die Puppenphase vier bis sechs Tage. Die gesamte Entwicklungsdauer der Kleinen Stubenfliege beträgt je nach Temperatur 7 bis 30 Tage. Die Überwinterung erfolgt im Larven- oder Puppenstadium.